El acceso a emitir CFDI de pagos se da desde el menú de cobranza pero si el usuario no tiene acceso le aparecerán las opciones en gris, por lo que será necesario que se le den los permisos.
Nos dirigimos a Utilerías / Grupos de usuarios / Catálogo de niveles
Se nos mostrará una ventana donde tenemos que seleccionar con el botón [?] el nivel de usuario que modificaremos
Seleccionamos la pestaña Cxc
En la parte baja encontraremos los atributos que debemos marcar

El permitir emitir y el Cancelar CFDI de pagos son permisos por separado, adicionalmente está el permiso para poder emitir REPS a facturas de contado, el cual viene por default inhabilitado, pues es un proceso que NO es recomendable
Damos clic en grabar y listo